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在中国的传统社会，农业是最重要的经济部门，其他一切生产部门都要在维护农业生产的主导地位的前提下安排自己的生产。与这种经济结构相适应，“重本抑末”成为中国传统经济思想的三大教条之一，中国古代的思想家、政治家无一例外地把农业视为国之本、命之脉。在社会经济内部，国家通过抑商而重农，有效地维持着自给自足的自然经济模式。
1840年的鸦片战争，给对外部世界深闭固拒的清王朝以巨大的冲击，以工商文明立国的英国的炮舰粉碎了以农耕文明立国的清王朝的武装力量，冲破了天朝闭关自守的经济大门。随着中国被纳入世界资本主义市场及农本经济与市场经济的剧烈冲撞，农本商末的产业结构开始失衡，工商业在整个经济体系中的比重呈现不断上升的趋势，以农业为本位的社会不断向以工商业为本位的社会转型。
社会经济结构的转型必然引起经济观念和经济思想的嬗变，中国农业经济思想意识领域出现了第一次前所未有的大变化。中国人开始用一种全新的视野看待农业在整个国民经济中的地位，“重本抑末”这条运行数千年不变的中国经济思想主线终于在鸦片战争的炮声中缓慢偏离故道。一批出国留学、出使欧美或阅读西书的知识分子开始对传统的重农抑商思想表示怀疑，他们从各个角度论述效法西方、抛弃以农立国的传统实现以工商立国的必要性，从而形成一种新的社会经济思潮。
1867—1870年游历英国，直接观察、了解过英国经济社会的中国早期资产阶级改良派代表人物王韬(1828—1897)在19世纪70年代一改以前重农抑商观点，开始反对重本抑末的观念，主张以商为“国本”。他说:“迂拘之士动谓朝廷宜闭言利之门，而不尚理财之说。中国自古以来重农而轻商，贵谷而贱金，农为本富而商为末富。如行泰西之法，是舍本而务末也……如是天下何由而治?盖富强即治之本也。”
“泰西诸国以通商为国本，商之所致，兵亦至焉”。王韬认为，中国只有师法泰西，恃商为国本，才能使中国日臻富强。中国古代史上亦有不少有识之士没有重本抑末观念，认识到商业与农业和手工业等产业应并行发展，但从来没有人将商业凌驾于农业之上。王韬这一论点是中国传统农业地位论的颠覆性观点，具有经济思想的原创性，他之所以能从一个全新的视角观察农业的地位，得益于他对19世纪60年代英国社会经济的直接观察。
1889—1894年出使英、法、意、比四国的大臣薛福成(1838—1894)把商业作为发展国民经济的中心环节，提出“商握四民之纲”的论点:“盖有商则士可行其所学而学益精，农可通其所植而植益盛，工可售其所作而作益勤，是握四民之纲者商也。此其理为从前九州之内所未知，六经之内所未讲。”这里，薛福成抛弃了传统的视农业为国民经济中心的观点，强调了商业发展优先于农业发展，并指出这是中国传统观念中所没有的新事物、新知识，要求人们去了解它、认识它，并按照这个道理行事。
虽然没有出国经历，但担任过洋行买办、长期从事洋务企业经营管理的郑观应指出，中国长期以来，是“以农立国”，故有农“本”商“末”之说，但当今社会形势发生了根本变化，不能再因循守旧，“袭崇本抑末之旧说”，而必须“振兴商务”“以自强”。他说:“中国以农立国，外洋以商立国。农之利，本也，商之利，末也，此尽人而能言之也。古之时，小民各安生业，老死不相往来，故粟布交易而止矣。今也不然，各国并兼，各图利己，借商以强国，借兵以卫商……欲制西人以自强，莫如振兴商务，安得谓商务为末务哉!”
博览群书、广涉西学的陈炽(?—1899)受到亚当·斯密的《国民财富的原因和性质的研究》一书的启示，于1896年撰写了经济专著《续富国策》一书。他虽然非常重视农业生产，甚至认为“商之本在农”，但他从国家财政的角度论述必须重视商业的发展。他说:“制国用者必出于商”，“夫中国旧制，崇本抑末，重农而轻商。今日厘税两宗，数与地丁相埒，京协各饷，挹注所资，假使无商，何能有税，民力竭矣，国计随之”。这里，陈炽主要着眼于税源的重要性来说明重本抑末的危害。
清朝末年，亦有不少人在不怀疑工商业的重要性的前提下认为工商业的发展必须以农业为依托。如陈炽认识到工商业的原料必须由农业提供，只有农业兴盛发达，工商业才能随之发达，他指出:“商之本在农，农事兴则百物蕃而利源可浚也。”1896年，以罗振玉为首的沪籍绅商在颁布农学会章程时就称“农实为工商之本”。1898年4月张之洞在上奏中称富国之道“不外乎农工商三事，而农尤为中国之根本”。
同月，张之洞在《劝学篇》中对农、工、商之间的相互依存关系作了进一步阐述:“大抵农、工、商三事，互相表里，互相钩贯，农瘠则病工，工钝则病商，工商聋瞽则病农，三者交病，不可为国也。”张謇认为“立国之本不在商也，在乎工与农，而农为尤要。盖农不生则工无所作，工不作则商无所鬻。相因之势，事所固然”。梁启超亦认为“劝商固今之急图也，然闻之万国商务赢绌之率，则恒视出口土货之多寡为差，工艺不兴，而欲讲商务，土产不盛而欲振工艺，是犹割弃臂胫而养其指趾，虽有圣药，终必溃裂”。
以上观点虽然也突出了农业的基础地位，但此时的“以农为本”与传统的“农本”观念已大异其趣。历代封建统治者重视发展农业，只是为了巩固其赖以生存的经济基础，即维护农业和手工业相结合的自然经济，而且是与抑商困商结合在一起。
清末时期，政府也重视并倡导改良农业，但它并非推崇传统的小农生产方式，而是从农业为工业提供原料，并使工业能为商业提供货源的角度来论述农业在整个国民经济中的地位和作用，因而这一时期的重农政策在很大程度上已不再与抑商困商相结合，而是与劝工兴商联系在一起，成为发展工商业的措施之一，这是中国传统农本理论在新的历史时期的创造性转化。
